此次臺日租稅協定共29條，主要由所得來源國(我國)就對方國家(日本)居住者取得之各類所得提供合宜減免稅措施，以消除重複課稅，進而減輕稅負，並提供爭議解決機制。此協定於105年6月13日生效，自106年1月1日適用。
- 臺日租稅協定之主要重點及內容如下：
| 適用範圍 | 適用對象 | 居住者：指符合各自稅法規定之居住者，包括個人及企業。 |
| 適用稅目 | 主要為所得稅。 | |
| 主要減免稅措施 | 營業利潤 | 一方領域之企業於他方領域從事營業未構成「常設機構」 者，其「營業利潤」於他方領域免稅。 |
| 投資所得 | 一、股利：上限稅率10%。 二、利息：上限稅率10%；特定利息免稅。 三、權利金：上限稅率10%。 |
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| 財產交易所得 | 除不動產價值佔股份價值50%以上外，股份交易所得於他方領域免稅。 | |
| 關係企業移轉訂價 | 提供相對應調整機制，解決關係企業交易雙方重複課稅問題。 | |
| 爭議解決 | 相互協議 | 一方領域之居住者遇有適用本協定爭議、移轉訂價相對應調整爭議或其他雙重課稅問題，得於一定期間內向該一方領域之主管機關申請相互協議，解決相關問題，並得向雙方領域之主管機關申請關係企業交易雙邊預先訂價協議，減少事後查核風險及增加稅負確定性。 |
＊常設機構定義(Permanent Establishment，PE)：
- 固定場所PE：管理處、分支機構、辦事處、工廠、工作場 所、礦場、油井或氣井、採石場或任何其他天然資源開採場所。
- 工程PE：建築工地、營建、安裝或裝配工程，或相關之監督活動，其存續期間超過六個月者。
- 服務PE：企業透過其員工或僱用人員在他方領域提供服務，包括諮詢服務，但以該活動為相同或相關計畫案在該他方領域內於任何十二個月期間內合計超過 183天者為限。
- 代理人PE：於一方領域內代表他方領域企業之人，於該一方領域內有權代表該企業簽訂契約並經常行使該項權力。
- 臺日租稅協定生效前後日本母公司在我國所得稅負差異如下：
| 所得類別 | 臺日租稅協定生效前
我國所得稅負 |
臺日租稅協定生效後
我國所得稅負 |
| 獲配子公司股利 | 20% | 10% |
| 提供子公司營運資金取得利息 | 20% | 10% |
| 授權子公司使用其專利技術取得權利金 | 20% | 10% |
| 派遣員工為子公司提供技術指導取得報酬 | 符合所得稅法第25條規定：3%其他：20% | 在我國提供服務天數於任何12個月期間合計不超過183天者，免稅。 |
| 在臺設立發貨倉庫儲存母公司半製品並運交臺灣及大陸子公司生產成品 | 依實際或設算所得按17%課稅。 | 屬準備或輔助性質者，不視為PE，其營業利潤免稅。 |
- 本次協定適用時點之說明:
股利、利息及權利金所得之優惠稅率適用，在台灣是以權責基礎 (Income payable)認定，而日本是以支付基礎(Payment date)認定，請詳下列圖表說明：
- 重點整理
- 稅負成本節省方面，最直接的就是於支付股利、利息、權利金時扣繳稅率將由最高之20％，降低為10％。而一般跨國企業常見之集團支援管理服務、技術服務等服務收入，過去支付時一般適用 20％扣繳稅率，也可透過申請核准適用營業利潤免稅。
- 個人勞務所得需於當地申報繳納所得稅之居住者天數，由 90 天放寬至 183天，除對個人稅務成本之節省，亦使企業於調派員工出差時有更大之彈性。
- 稅務爭議管理機制方面，常設機構之定義可協助企業於規劃交易與業務活動安排時，知道該避免從事何種工作與停留期間，以避免被視為有常設機構。
- 雙邊預先訂價協議之性質係屬事先防範雙重課稅之機制，其協議結果於雙方均有拘束力，故對潛在移轉訂價爭議之解決顯更為全面。可在交易發生前向台灣及日本稅捐機關申請談簽雙邊預先訂價協議。如達成共識，則在協議有效期間內除可取得移轉訂價結果之確定性，達成避免重複課稅之目的外，並可免除兩國稅捐機關事後進行查核甚或調整之困擾。
*臺日租稅協定 http://www.mof.gov.tw/File/Attach/1017/File_6718.pdf
